Fundado en 1942 por la Diputación Foral de Álava, como Casa de Álava, ocupó inicialmente una casa-hotel mandada construir en 1912 por D. Ricardo Augustin y Elvira Zulueta a los arquitectos Javier de Luque y Julián Apraiz con estilo histórico inspirado en los palacios renacentistas.

Des su inauguración, el Museo de Bellas Artes de Álava ha ido incrementando sus colecciones lo que ha exigido la creación de nuevas infraestructuras y edificios. Así, durante los años sesenta el edifico original fue ampliado para acoger, entre otras, las obras de la Fundación Fernando de Amárica, depositadas en este Museo.

En la actualidad se distribuye en tres sectores arquitectónicos diferenciados, constituidos por el edificio principal, antiguo palacio de Augustin, la parte ampliada en los años 60 y un edificio anexo, de nueva construcción, donde se sitúa el acceso al Museo.